Γενικότερα δεν συναντάμε πολλά προβλήματα με εχθρούς και ασθένειες. Σε συνθήκες κακού αερισμού μπορεί να προκύψει η " Κίτρινη Σκουριά" των φύλλων του Εστραγκόν από τον μύκητα Puccinia dracunculina.
