Σημαντικές ασθένειες της μηλιάς είναι το φουζικλάδιο της μηλιάς (Venturia inaequalis), η σήψη απο Monilia fructigena, το ωίδιο από τον Podosphae raleucotricha και ο καρκίνος της μηλιάς από το Nectria galligena. Το σημαντικότερο έντομο που την προσβάλει είναι η καρπόκαψα της μηλιάς Cydia pomonella που καταστρέφει τους καρπούς. Επίσης, το Anthonomus pomorum, γνωστό και ως ανθονόμος, ξεραίνει τα άνθη, η Hoplocarpa testudinea προσβάλει τα φύλλα και μπορεί να προκαλέσει καρπόπτωση και τέλος προβλήματα δημιουργούν οι αφίδες (κυρίως το Eriosoma lanigerum, προκαλεί την βαβμβακάδα της μηλιάς ) και οι ψωρες (Quadraspidiotus perniciosus), ενώ βοηθούν στην εξασθένηση του φυτού και μετάδοση ασθενειών.