Τα κυριότερα έντομα που προσβάλλουν τις βανίλιες είναι η καρπόκαψα (Laspeyresia pomonella), που ορύσσει στοές στον καρπό, η Anarsia lineatella που προκαλεί ζημιές στους καρπούς και τους βλαστούς, ο τετράνυχος (Tetranychus urticae), που ρουφά χυμούς από τα φύλλα και εξαντλεί τα δέντρα, ο σκολύτης (Scolytus pruni), ο υπονομευτής (Hyponomeuta dadella), οι οπλοκάμβες και οι θρίπες.
Οι δύο μύκητες που προσβάλλουν συχνότερα τις βανίλιες είναι η μονίλια, που προκαλεί σάπισμα στους καρπούς και ο μύκητας Armillaria mellea, ο οποίος προκαλεί ξήρανση των δέντρων. Μολύνσεις στα δέντρα μπορεί να προκαλέσει και το βακτήριο Pseudomonas sp. Από ιούς, οι πιο σημαντικές ασθένειες είναι η ίωση Sharka ή Plum pox και η ίωση Prunus necrotic ring spot που μεταφέρεται με τη γύρη στους 20-24°C.